La importancia del túnel radica sobre todo, por ser refugio de un gran número de quirópteros, entre los que destacan los del orden Chiroptera, que utilizan el túnel como refugio de hibernada, cría y paso migratorio. Las especies de quirópteros censadas en el túnel son: el murciélago grande de herradura (Rhinolophus ferrumequinum), el murciélago mediterráneo de herradura (Rhinolophus euryale), el murciélago de cueva (Miniopterus schreibersi), el murciélago de oreja partida (Myotis emarginata) y murciélagos orejudos (Plecotus sp.). Cabe destacar, que las especies anteriores, se encuentran incluidas dentro del Catálogo Regional de Especies Amenazadas (Decreto 33/1998), dentro de la categoría Vulnerable así como que el túnel, es uno de los refugios de murciélagos más importantes de Europa y, sin duda, el más importante para los murciélagos de cueva en toda España.