La laguna destaca desde el punto de vista botánico, por la buena representación de las comunidades y especies halófilas que son características de los ecosistemas lacustres salinos de La Mancha. Dependiendo del periodo de encharcamiento, de la concentración de sales en superficie y de la profundidad del nivel freático, se observa una gradación de comunidades vegetales en las que el albardinal (Senecio-Lygeetum) representa la etapa más madura y las formaciones de Limonium sus primeras etapas seriales de sustitución.

Colonizando los espacios vacíos y las costras de sal aparecen formaciones terofíticas halonitrófilas (Frankenion pulverulentae) y halófilas, entre las que destaca Microcnemetum coralloidis, donde se localiza la especie Microcnemum coralloides, incluida como “vulnerable” en el Catálogo Regional de Especies Amenazadas (Decreto 33/98, de 5 de mayo y Decreto 200/2001, de 6 de noviembre). En zonas de mayor desarrollo edáfico y menos nitrificadas, se desarrollan comunidades herbáceas terofíticas (Polypogono-Hordeetum) y formaciones halófilas y subhalófilas vivaces (Suaedion braun-blanquetii, Lygeo-Lepidion cardaminis, Puccinellion tenuifoliae) propias de etapas más maduras en la sucesión de la colonización vegetal de los márgenes del humedal, y que albergan a especies singulares como Limonium carpetanicum y L. supinum, catalogadas “de interés especial” por el Catálogo Regional. Otra de las formaciones de interés la constituyen los pastizales halófilos vivaces (Aeluropo-Puccinellietum), que en zonas de mayor desarrollo edáfico entran en contacto con los restos de juncales halófilos (Juncion maritimi) y en aquellas zonas donde el periodo de encharcamiento y la cantidad de sales acumulada es menor, dan paso a los almarjales (Suaedion braun-blanquetii). Todas estas formaciones tienen la consideración de Hábitat de Protección Especial por la Ley 9/1999 de Conservación de la Naturaleza y el Decreto 199/2001, de 6 de noviembre.

Cuando la abundancia de las lluvias primaverales aseguran el volumen de agua necesario durante el verano, aparece en la laguna una de las plantas acuáticas más interesantes de la Península Ibérica, Althenia orientalis, catalogada como “vulnerable” y que en Castilla-La Mancha sólo se conocen cinco localidades para esta especie, a la que acompañan Lamprothamnium papulosum y Riella helicophylla, incluidas en al Catálogo Regional como especies de interés especial.