Las zonas de paramera se encuentran ocupadas por cultivos de cereal de secano y ejemplares de encina muy dispersos a excepción de su zona más septentrional en la que aparecen extensas formaciones mixtas de encina y quejigo. En cuanto a las laderas de solana están cubiertas mayoritariamente por coscojares, aligares y matorral de aromáticas en distintos estados de mezcla que ocupan pastizales y olivares abandonados, las laderas de umbría están cubiertas por quejigares en distintas densidades de forma casi continua. El fondo de valle está ocupado por cultivos extensivos y huertos a excepción de la estrecha franja del bosque de ribera que acompaña al río.
Hábitats de Protección Especial de la Ley 9/1999, de 26 de mayo:
-Quejigares puros y en mezcla con encinar: las masas de Quercus faginea ocupan las laderas de umbría y las zonas de paramera más frescas, aparecen mezclados con Quercus ilex y Acer monspessulanum, con un cortejo florístico de Viburnumlantana, Lonicera xylosteum y Ligustrum vulgare, entre otros. Estas formaciones son hábitats de interés comunitario y Hábitat de interés especial. Formaciones de herbazales de Molinea caerulea en rezumaderos carbonatados: hábitat ligado a surgencias hídricas en suelos calizos con presencia de especies ligadas a medio higroturbosos como Molinea caerulea, distintas especies de Carex sp. y Aquilegia vulgaris entre otros Zonas palustres de fondo de valle con junqueras y formaciones de grandes cárices amacollados: son hábitats relacionados con el freatismo de los ríos y arroyos que recorren los fondos de valle. En función de la temporalidad de la presencia de agua en el suelo aparecen poblaciones interesantes de Carex riparia e Irispsudocorus en contacto al agua permanente y Juncus sp. y Equisetum palustre en zonas con un freatismo más estacional. Otros hábitats de protección especial presentes de menor relevancia por su estado de conservación: Galerías fluviales (alamedas), Comunidades gipsofilas, comunidades rupícolas no nitrófilas.
Flora: Existen estudios que hablan de hasta 850 taxones de flora, 11 de ellos incluidos en el Catálogo Regional de Especies Amenazadas, todas en ellas en la categoría en Interés Especial: Acer monspessulanum, Clematis recta, Colutea hispanica,Dictamnus albus, Ephedra fragilis, Ephedra nebrodensis, Juniperus thurifera, Linum campanulatum,Prunus avium, Prunus mahaleb y Sorbus doméstica. Asimismo se considera muy probable la presencia en el área de Sorbus aria, Sorbus torminalis y Neottia nidus-avis.