En los Saladares de Villasequilla se localizan las dos mejores poblaciones castellano-manchegas de Arthrocnemum macrostachyum, arbusto endémico de la región mediterránea que aparece catalogado dentro de la categoría “de interés especial” en el Catálogo Regional de Especies Amenazadas (Decreto 33/98, de 5 de mayo). También aparece en la zona, sobre las costras de sal desprovistas de vegetación, Microcnemum coralloides (catalogada como “Vulnerable” en el Catálogo Regional), junto a otras comunidades terofíticas crasicaules formadas por Suaeda spicata, Suaeda splendens y Salicornia ramosissima. Destaca así mismo, la presencia de Sisymbrium cavanillesianum, catalogada como “Vulnerable” en el Catálogo Regional e incluida como prioritaria en la Directiva 97/62/CE del Consejo, de 27 de octubre de 1997, por la que se adapta al progreso científico y técnico la Directiva 92/43/CEE relativa a la Conservación de los Hábitat Naturales y de la Fauna y Flora Silvestres.

Vestigios de lo que en tiempos debieron ser tarayales halófilos de gran extensión, aparecen en la zona como formaciones abiertas de Tamarix canariensis que comparten espacio con carrizales, espadañales, orzagales dominados por Atriplex halimus,  albardinales y pastizales halófilos