Todo el recorrido se caracteriza por los sustratos calizos en los que se originan cortados que permiten la nidificación de las aves rupícolas, resultando una de las zonas más importantes de la provincia de Cuenca  para la conservación de especies como el águila azor  perdicera, águila real, halcón peregrino, búho real y águila culebrera. También son importantes las comunidades de mamíferos, peces, anfibios y reptiles.
 
El conjunto de sus valores naturales y la moderada acción humana, se unen a la hora de definir este río, dentro de la cuenca mediterránea,  como el  mejor conservado de de toda Castilla – La Mancha.