En El Longar, la mala calidad de los sedimentos y del agua embalsada hace imposible el desarrollo de vegetación acuática. En las lagunas del Altillo, el factor que limita su crecimiento es la escasa duración de los periodos de inundación. Sin embargo, en la zona este de la laguna de El Longar, en una charca estacional, se desarrollan praderas subacuáticas halófilas, testigo de la valiosa vegetación acuática que colonizaba la cubeta de esta laguna cuando sus aguas no estaban contaminadas. Se trata de formaciones de carófitos de Charetum conniventis, que forman praderitas entre las que crecen otras plantas de carácter halófilo como Riella drepanensis. La presencia de estas praderas asegura la trasparencia del agua y favorece la presencia de especies sensibles a la contaminación del agua como Riella helicophylla, especie muy escasa y amenazada.

En El Longar se desarrollan también densos carrizales asociados a la entrada de aguas de menor salinidad procedentes de la depuradora de Lillo, que constituyen un buen refugio para la fauna y ejercen una función importante como depuradores terciarios. En todo el contorno de la laguna, encontramos matorrales de almajo dulce, formaciones que ocupan suelos salinos encharcados en invierno, pero con fuerte desecación estival, que suelen constituir la primera banda de vegetación leñosa en las lagunas salobres, en cuyos claros se desarrollan especies anuales primaverales características de las estepas salinas mediterráneas. En zonas más elevadas de la cubeta o terrenos próximos que no suelen encharcarse, se desarrollan albardinales de Lygeum spartum, que alcanzan una gran extensión al norte de este humedal. Interecaladas entre los albardinales, localizadas en pequeñas depresiones, aparecen formaciones de coralillo (Microcnemum coralloides), especie catalogada como vulnerable en el Libro Rojo y en nuestro catálogo regional. Por último, formando dos bandas continuas en el perímetro oriental de El Longar, se localiza una repoblación de tarays.

Las lagunas del Altillo constituyen claros ejemplos de humedal salino interior, con sus ciclos de encharcamiento y desecación, formación de costra salina y una vegetación muy especializada adaptada a los distintos grados de salinidad y encharcamiento del suelo. En sus orillas, sobre suelos que se encharcan en primavera, se desarrollan pastizales de Suaedo spicatae-Salicornietum patulae, formaciones pioneras sobre suelos desnudos y salinos que son más o menos abundantes todos los años tras la retirada del agua. Contactan con los almajares de almajo dulce, formaciones poco compactas, en cuyos claros se desarrollan especies anuales primaverales ligeramente nitrófilas y halófilas. En zonas más elevadas y, por tanto, con un periodo de inundación mucho menor y menor concentración salina, se desarrollan praderas graminoides vivaces de Aleuropus littoralis y Puccinellia fasciculata, así como praderas juncales de almorchín (Schoenus nigricans). Rodeando las lagunas, en terrenos salinos que no se encharcan, se desarrollan albardinales, aunque de menor extensión que en El Longar. En Altillo Grande, además, encontramos entre ellos pequeñas representaciones de Microcnemum coralloides.

Destacar la presencia de flora amenazada entre las formaciones descritas, como Senecio auricula subsp. castellanus, Lepidium cardamines, Limonium carpetanicum o la ya mencionada Microcnemum coralloides, que aparecen en el seno de los albardinales, o la sapina (Athrocnemum macrostachyum), localizada en los almajares de la laguna de El Longar.